Bezpłatny program komputerowy, dostarczany wraz z czytnikiem lub zestawem czytników punktów kontrolnych BOX_ID-2, posiada bogaty zestaw opcji sterujących całością Systemu Kontroli BOX_ID. Za pomocą opcji zawartych w aplikacji pod system Windows można:

• kontrolować i modyfikować parametry czytnika;
• śledzić występowanie zdarzeń za pomocą rejestru zdarzeń;
• dodawać, modyfikować, usuwać trasy
  i przynależne do nich punkty kontrolne;
• pobierać/przesyłać wybrane trasy wraz z punktami kontrolnymi z/do czytnika;
• dodawać, modyfikować, usuwać obiekty;
• pobierać/przesyłać wybrane obiekty z/do czytnika;
• dodawać, modyfikować, usuwać użytkowników;
• pobierać/przesyłać wybranych użytkowników do czytnika;
• analizować odczyty pobrane z czytnika;
• drukować raporty, harmonogramy, rozliczenia, rejestry;
• dodawać, modyfikować, usuwać operatorów programu;
• przesyłać wybranych użytkowników do czytnika;
• wykonywać/odtwarzać kopie bezpieczeństwa.

Program jest na tyle prosty, że nie wymaga od obsługi jakichkolwiek kwalifikacji informatycznych. Wszelkie opcje zostały w klarowny sposób podzielone na zakładki tematyczne, dostępne za pomocą jednego kliknięcia klawiszem myszki. Dostępność opcji na każdej z zakładek jest uzależniona od posiadanych przez operatora uprawnień. W programie istnieją dwa profile uprawnień:

• Administrator - najwyższy profil uprawniający do korzystania ze wszystkich opcji programu;
  
  
• Operator - profil z wyłączonymi opcjami edycyjnymi, najbardziej odpowiedni dla operatorów zajmujących się pobieraniem odczytów z czytników i generowaniem raportów.

Dostęp do programu jest chroniony nazwą operatora i hasłem. Za pomocą tych danych program orientuje się, jaka osoba aktualnie pracuje i jakie ma uprawnienia. Zarządzaniem operatorami może zajmować się osoba posiadająca uprawnienia administratora.
Do programu dołączona jest instrukcja obsługi w postaci papierowej i elektronicznej. Wybranie opcji Pomoc dowolnego okna dialogowego powoduje wyświetlenie pliku pomocy, otwartego na odpowiedniej stronie.